На начало войны в составе подводных сил КБФ насчитывалось 68 подводных лодок, сведённых в три бригады и отдельный учебный дивизион. В постройке находилось еще около 30 подводных лодок, за счёт которых во время войны шло частичное пополнение флота. Основная оперативно-тактическая задача подводных сил флота состояла в нарушении коммуникаций противника, особенно в центральной и южной части Балтийского моря, где уже к 25 июня 1941 г. было развёрнуто 15 наших лодок.

       После потери южного побережья Балтики и выхода частей противника к Финскому заливу, КБФ лишился большинства своих баз и был практически заперт в мелководной и тесной его части. Но в то же время не оправдались расчёты немецкого командования на быстрое уничтожение флота и его баз с последующим падением Ленинграда. В октябре 1941 г. балтийские подводные лодки возобновили боевую деятельность на морских коммуникациях противника, выполнив за кампанию 82 боевых похода, уничтожили 5 его транспортов, 2 танкера и 1 подводную лодку. На выставленных ими минах подорвалось 7 судов и 2 вражеских корабля. За этот же период было потеряно 19 советских подводных лодок, из них 13 - на минах.

       После первой блокадной зимы основная оперативная задача начавшейся в мае кампании 1942 г. состояла для подводных лодок в нарушении вражеских коммуникаций по всей Балтике. К тому времени уже только выход из Финского заливе через минные поля и рубежи ПЛО противника был крайне затруднен (вероятность прорыва составляла лишь 15-20%). Тем не менее, действуя тремя эшелонами, с июня по ноябрь 1942 г. 28 балтийских ПЛ совершили 33 боевых похода из Финского залива. Несмотря на крайне тяжёлую обстановку на морском театре и возросшее противодействие вражеских сил ПЛО, наши лодки уничтожили свыше 40 судов противника. Была серьёзно нарушена важная морская коммуникация, которая обеспечивала доставку в Рейх жизненно важных для него грузов железной руды, никеля, древесины и др.